في مختبر علم الأحياء الدقيقة  يتم اكتشاف الكائنات الحية الدقيقة  التي هي العوامل المسببة للعدوى  عن طريق الزرع أو الاختبارات المصلية أو الفحوصات المباشرة. تعمل مختبرات الأحياء الدقيقة في مستشفياتنا بأحدث تقنيات التعرف على جميع انواع البكتيريا الهوائية واللاهوائية. يتم استخدام طرق التشخيص الروتينية و المتقدمة للفيروسات مع طريقة الزرع او التشخيص المباشر للفطريات والطفيليات .

 ومن اجل هذا الغرض تم انشاء لجنة لمنع استخدام المضادات الحيوية المفرط  ، والتدريب المستمر لموظفي المشفى للتحكم في التخلص من النفايات الطبية  و تنظيف المستشفى بأحدث الطرق  ويترأس هذه اللجنة اختصاصي الأمراض المعدية في المشفى.